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1.大腸桿菌老化：請涂布平板培養后，重新挑選新菌落進行液體培養。

2. 質粒拷貝數低：由于使用低拷貝數載體引起的質粒DNA提取量低，可更換具有相同功能的高拷貝數載體。            

3. 菌體中無質粒：有些質粒本身不能在某些菌種中穩定存在，經多次轉接后有可能造成質粒丟失。例如，柯斯質粒在大腸桿菌中長期保存不穩定，因此不要頻繁轉接，每次接種時應接種單菌落。另外，檢查篩選用抗生素使用濃度是否正確。

4. 堿裂解不充分：使用過多菌體培養液，會導致菌體裂解不充分，可減少菌體用量或增加溶液P1、P2和P3的用量。對低拷貝數質粒，提取時可加大菌體用量并加倍使用溶液P1、P2和P3，可以有助于增加質粒提取量和提高質粒質量。

5. 溶液使用不當：溶液P2、P3在溫度較低時可能出現渾濁，應置于37℃保溫片刻直至溶解為清亮的溶液，才能使用。

6. 吸附柱過載：不同產品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的質粒量很大，請分多次提取。若用富集培養基，例如TB或2×YT，菌液體積必須減少；若質粒是非常高的拷貝數或宿主菌具有很高的生長率，則需減少LB培養液體積。

7. 質粒未全部溶解(尤其質粒較大時) ：洗脫溶解質粒時，可適當加溫或延長溶解時間。

8. 乙醇殘留：漂洗液洗滌后應離心盡量去除殘留液體，再加入洗脫緩沖液。

9. 洗脫液加入位置不正確：洗脫液應加在硅膠膜中心部位以確保洗脫液會*覆蓋硅膠膜的表面達到蕞大洗脫效率。

10. 洗脫液不合適：DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如洗脫緩沖液EB(10mM Tris-HCl, 1mMEDTA，pH8.5)或水。洗脫效率還取決于pH值，最大洗脫效率在pH7.0-8.5間。當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內，如果pH過低可能導致洗脫量低。洗脫時將滅菌蒸餾水或洗脫緩沖液加熱至60℃后使用，有利于提高洗脫效率。

11. 洗脫體積太小：洗脫體積對回收率有一定影響。隨著洗脫體積的增大回收率增高，但產品濃度降低。為了得到較高的回收率可以增大洗脫體積。

12. 洗脫時間過短：洗脫時間對回收率也會有一定影響。洗脫時放置1分鐘可達到較好的效果。